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永历六年（清顺治九年，1652年）十月，刘文秀四川用兵失利，在保宁之战中被吴三桂侥幸取胜。
而孙可望妒嫉李定国桂林、衡州大捷之大功，逼走李定国，却在宝庆之战中失利。
东南沿海的郑成功也在漳州之战中失利。
所以明军在四川、湖南、福建三个战场上没能扩大战果，陷入了与清军相持的局面。
永历七年（清顺治十年，1653年），永历八年（清顺治十一年，1654年）李定国率军两次进军广东，与郑成功约定会师广东，一举收复广东；清廷在永历七年、八年企图招降郑成功，郑成功为了不破坏和谈，消极与李定国会师，导致肇庆战役跟新会战役失败。
永历八年（清顺治十一年，1654年），孙可望欲自立，大臣吴贞毓等奉永历命欲召李定国护驾。
事情败露之后，孙可望派遣郑国举兵问罪，最后孙可望以“盗宝矫诏、欺群害良”拟罪，赐吴贞毓自缢并斩吴以下十七朝臣。
永历十年（清顺治十三年，1656年），郑成功取得泉州大捷，永历十一年（1657年）又取得护国岭大捷。
同年王兴率部取得文村大捷，确保了南明在广东沿海的抗清据点，维持了西南永历朝廷和东南郑成功部之间的联系。
永历十年（清顺治十三年，1656年）孙可望密谋篡位，引发了南明内讧，李定国拥永历帝至云南，次年于曲靖交水大败孙可望，孙可望势穷降清。
孙可望降清后，西南军事情报尽供清廷，滇黔虚实尽为清军所知。
永历十二年（清顺治十五年，1658年）四月，清军主力从湖南、四川、广西三路进攻贵州，年底吴三桂攻入云南。
永历十三年（清顺治十六年，1659年）正月，清军下昆明，占据云南，永历帝逃亡缅甸。
二月，吴三桂及赵布泰、尚善等率清军与李定国部激战滇西磨盘山，两败俱伤。
六月，郑成功称招讨大元帅，率十余万水路大军，开始北伐，在崇明岛登陆，接连取得定海关大捷、瓜州大捷、镇江大捷的胜利，一度兵临南京城下。
郑成功、张煌言海上抗清联军秘密遣使至赣州与抗清英雄李玉庭联系，争取呼应。被清朝臣子汤斌查获。
汤斌将使者交与江西巡抚苏宏杀害，并报请清朝移兵守南安。
李玉庭争取汤斌支持抗清，被汤斌告密，被俘后凌迟处死。
汤斌藉此染红顶戴，官至工部尚书。章太炎在《诸子学略说》中讲道：“汤斌、杨名时、陆陇其辈，……炎黄之胄，服官异族，大节已亏，尚得以理称哉？”然而郑成功中清军缓兵之计，最终失败，撤回厦门。
八月，朱由榔由滇西逃往缅北。
永历十四年（清顺治十七年，1660年）二月，李定国、白文选亲率明军入缅欲迎朱由榔，明军与缅军大战于缅北，明军大胜，后接旨退兵。
五月，清军围攻厦门，郑成功取得厦门海大捷的胜利，稳定了东南沿海局势。
永历十五年（清顺治十八年，1661年）三月，郑成功率领名将士，分乘几百艘战船从金门出发，准备夺取台湾为新根据地。
同年八月十二日，缅王以饮咒水盟誓为名，杀了跟随朱由榔的四十二名大臣和太监；十二月初三，缅王受到压力，将朱由榔及家属送交清军带回昆明。
永历十六年（清康熙元年，1662年）正月，台湾荷军向郑成功投降。
四月十五日，朱由榔与儿子朱慈煊被吴三桂绞杀在昆明；郑成功二子郑经在思明与乳母私通，加上当时郑芝龙在北京被杀，又闻朱由榔在云南被杀，郑成功数痛攻心，于五月初一日病逝（据最近考证是被暗杀）；六月二十七日，李定国在真腊得知永历帝死讯，也忧愤而死。
十一月，郑经从厦门来到台湾接手经营，名义上仍奉永历帝为正朔，继续沿用永历年号。
清康熙三年（1664年）三月，郑经迎宁靖王到台湾监军。
八月，夔东十三家抗清失败，李来亨全家自焚，明朝在大陆的抵抗结束。
九月，清廷在杭州弼教坊处决张煌言。
十一月，清荷联军攻陷金厦两岛，郑军撤回台湾。
清康熙十二年（1673年）十一月，三藩之乱爆发，郑经受耿精忠请援，率军西征福建，任命郑克臧为监国。
郑经收复厦门后，并收漳州、泉州与潮州三府，进而攻下广东惠州。
后来，广东尚可喜、福建耿精忠相继为清军所平定，云南吴世璠亦败亡，郑经势力败退只能守住厦门。
清康熙十九年（1680年），清将万正色遣人游说郑军水师副总督朱天贵率舰300艘，将士2万余人降清，郑经放弃厦门并班师回台，之后沉迷于酒色。
清康熙二十年（1681年），郑经病殁，遗命郑克臧嗣位，冯锡范毒害郑克臧，拥立女婿郑克塽，独揽大权。
康熙帝趁着郑家内讧，以施琅为水师提督着手征讨台湾。
清康熙二十二年（1683年），施琅大败刘国轩，攻克澎湖，给台湾造成极大军事压力，同年延平王郑克塽降清，宁靖王朱术桂携五妃自杀殉国，全国最后一支抗清势力覆灭。
胤祉、胤祺、胤禩、胤祹一直在和隆科多讨论着，议论着，他们见弘暎发呆发愣出了神，叫道：“弘暎，你在想什么呢？这么出神。”
弘暎这才醒悟过来：“怎么了？”
胤祹问道：“你在想什么呢？难道隆大人来，把你吓倒了？”
弘暎勉强一笑：“没，没有啊。”
胤祹道：“瞧你那样，我们还以为你吓着中邪了。”
弘暎思虑了一下：“我就是有一事不明，想请教一下隆大人。”
隆科多问弘暎：“请教不敢当，有话你就直说。”
弘暎继续说道：“如果那云晴格格是朱由榔的女儿，起码也有六十岁了，而被你抓的那个云晴格格不过才三十出头，这明显不符啊？！”
隆科多解释道：“回郡王爷，前明遗民反清复明之心一直未死，这些年苗头正起。不只如此，他们依然延续朱由榔颁授的官爵，作为朝廷的象征和负责联络各部的“督师”、“阁部”、“部院”，以至于太监都照做前朝委任。因云晴格格乃是朱由榔的女儿，也是朱由榔唯一的血脉，因此倍加尊崇，依然享受公主待遇，所以保养得非常好。再加上她天生丽质，身材婀娜，穿着得体，落落大方，确实看不出她实际的年龄。”